Madrasah Tsanawiyah 1 Annuqayah terletak disebelah barat kota Kabupaten Sumenep, tepatnya di Pondok Pesantren Annuqayah, Desa Guluk-Guluk, Kecamatan Guluk-Guluk. Pada mulanya lembaga ini bernama Madrasah Muallimin, kemudian seiring dengan perkembangan zaman lembaga ini dirubah menjadi Madrasah Tsanawiyah sejak Tahun 1979. Kemudian, Madrasah Tsanawiyah 1 Annuqayah pada Tahun 1999 telah diakreditasi dengan memperoleh status Disamakan, dan akreditasi tahun 2005 dengan status terakditasi B, dan dengan demikian merupakan bagian dari upaya dalam peningkatan mutu pendidikan sesuai dengan apa yang telah diprogram oleh Pemerintah melalui Departemin Agama maka pada bulan Juli 2009. Madrasah Tsanawiyah 1 Annuqayah telah diakreditasi ulang. dalam konteks itu di Madrasah Tsanawiyah I Annuqayah merekrut tenaga pengajar dari kalangan orang-orang yang berpendidikan dan sebagian besar telah menyelesaikan Sarjana S1. Dan sampai saat ini kepercayaan masyarakat terhadap Madrasah Tsanawiyah 1 Annuayah Guluk-Guluk semakin bertambah.